2023年8月，公共实验技术平台提交的蛋白质组学质谱数据在中国科学院计算技术研究所、国家蛋白质科学中心等联合主办的第 7 届中国计算蛋白质组学研讨会暨第 3 届蛋白质组学生物质谱技术评测活动上获得展示（如图1/图2），并由主办方公开报告，表明平台的生物质谱技术水平已进入蛋白组学高质量体系，获得同行的高度认可。

图1. DDA结果展示

图2. DIA结果展示

本次评测活动由中科院药物所统一准备参评细胞样本并寄送至国内23家蛋白质组学领域高水平实验室。平台接收样本后，按照平台前期形成的标准SOP进行样本前处理，基于纳升液相联三合一超高分辨率质谱仪（Thermo Orbitrap Fusion Lumos Tribrid），采集了DDA与DIA质谱数据各3个，质谱原始数据通过邮件提交至中国科学院计算技术研究所，其使用统一的数据处理平台和参数进行分析，并对单个数据的鉴定肽段数目、蛋白质数目及技术重复稳定性等进行评测。

在国内众多蛋白质组学实验室的同型设备数据中，平台DDA和DIA两种模式下的数据质量均位于前列，数据稳定性良好。此次评测活动中，平台并未针对参评样本特设处理流程及质谱参数，均为平台前期优化建立并院内公开且用于公共服务的标准方法。本次测评结果说明平台的生物质谱技术能力能实现生物质谱数据的稳定、高质量产出，持续支撑院内蛋白质组学研究。