四川大学华西医院精准医学中心科研测序服务项目

发布单位: 四川大学华西医院  /  阅读:622 次  /  2023/5/8 16:46:09

一、全基因组和全外显子测序服务

人全基因组重测序(Whole-genome sequencing, WGS)是基于人基因组参考序列对个体或群体进行全基因组测序,可更全面地挖掘全基因组范围内的序列差异和结构变异,包括单碱基变异(SNV, Single Nucleotide Variations)、插入缺失变异(InDelInsertion/Deletion)、拷贝数变异(CNVCopy Number Variations)和结构变异(SVStructure Variation)。在全基因组水平上扫描并检测与表型差异、疾病、进化等相关的突变位点。人全外显子重测序 ( Whole-exome sequencingWES)是指利用序列捕获技术将全基因组的外显子区域DNA捕获富集后进行高通量测序,能够直接发现与蛋白质功能变异相关的遗传变异SNP(单核苷酸多态性)。以人类基因组为例,虽然外显子(蛋白质编码区)只占基因组的1%,但人类基因组85%的致病突变都在外显子区域,因此具有重要意义。

服务内容

精准医学中心利用Illumina测序公司的测序试剂和Nova-6000等测序仪器,建立了具有华西特色的WGS/WES测序平台,为临床医生和科学家提供最先进的基因组测序技术和基因组数据分析平台。目前可以提供以下测序服务:

1、提供WGS测序服务(检测和标准分析服务;组织、外周血等);

2、提供WES测序服务(检测和标准分析服务;组织、外周血等);

实验流程

平台研发的测序体系,单次可针对60个样本同时进行文库构建和上机测序

         

WGS交付数据质量标准

WGS基础分析使用基于赛乐基因最佳实践流程的GPU加速程序完成,质控使用基于FastQCPicard工具相关算法,WGS30X)和WES100X)和测序数据交付标准:

1、测序原始数据Q30>80%

2、去除接头、Q20以下低质量、PCR重复和双端测序重叠的数据后,净数据测序深度不少于30X/100X,即可用reads的总碱基量大于90G

3GC含量无显著偏移;

4、数据冗余度小于10%

5、测序深度的变异系数(标准差除以平均值)<35%

6、测序深度>10X的区域要求覆盖整个基因组95%以上;

7、测序深度>30X的区域要求覆盖整个基因组70%以上。

数据分析

标准分析:

1、数据交付:原始文件FastQ,分析产出各个样本的去重后BAM文件、gVCF文件及VCF结果文件,共约6T存储空间。

2. fastq质控:去除接头污染和低质量数据;

3. bam质控:与参考序列进行比对、统计测序深度及覆盖度;

4. Variant callingSNP/InDel 检测。

高级分析:根据项目/课题具体需求定制化分析,请与平台直接联系。

送样要求

二、靶向panel基因测序服务

1、肺癌循环肿瘤DNA用药基因检测

本试剂采用液相杂交捕获技术,通过杂交捕获获得目的片段,可一次性检测23个靶向基因(见附表)的全外显子区域,ALKROS1RET 3个基因的内含子重排区域,以及17个化疗相关基因的热点突变区域。提示目前已上市和正在进行II/III期临床试验的靶向药物和临床常用化疗药物的敏感性和毒副作用,精确指导抗肿瘤药物的临床使用

交付数据质量标准

            质控环节

质控参数

质控标准

核酸质量评估

DNA总量(ng

50

DNA降解程度

C级及以上

预文库总量(ng

600

测序质量评估

平均测序深度

1500

覆盖均一性

90%

基因组比对率

95%

碱基质量Q30占比

80%

 

送样要求 

组织类型

需求量

其他要求

全血

10ml

新鲜样本,4℃,三日内;

冻存样本,送达时未解冻

外周血提取的游离DNA

50ng

无基因组污染

 

2、肿瘤遗传风险基因检测

一次检测,全面分析指南推荐的106个遗传风险基因,为高风险人群提供专业、全面、精细化的肿瘤预防方案,实现早发现、早诊断、早治疗。

1、一份样本一次检测,筛查目前国际公认的肿瘤遗传风险基因全部外显子序列,不会遗漏任何重要位点。

2、检测采用二代测序平台,一次性全面评估基因SNPInDel等多种变异情况,检测结果更准确。

3、利用国际先进数据库以及自建的中国人群数据库进行解读,检测结果准确易读。

4、依据不同性别针对性出具癌种预防解读,真正实现肿瘤个性化的精准预防。

交付数据质量标准

             质控环节

质控参数

质控标准

核酸质量评估

DNA总量(ng

100

DNA降解程度

C级及以上

预文库总量(ng

600

测序质量评估

平均测序深度

100

覆盖均一性

90%

基因组比对率

95%

碱基质量Q30占比

80%

 

送样要求

组织类型

需求量

其他要求

全血

10ml

新鲜样本,4℃,三日内;

冻存样本,送达时未解冻

外周血提取的游离DNA

100ng

无基因组污染

 

31021项目简介

实体瘤1021基因检测项目可一次可检测1021个基因,全面评估包括但不限于CNVIndelSNV、融合、TMB、剪接变异、PD-L1MSIHLA等突变状态;全方位用药指导及预后评估,覆盖指南推荐靶点生物标志物,MSITMB和其他免疫指标,以及化疗药物相关SNP位点;全面预测靶向、免疫药物的疗效和化疗药物的敏感性和毒副作用;组织+对照血双样本模式检测,可准确区分胚体系突变,可进行肿瘤遗传风险评估,同时覆盖超过40HRR基因,更全面指导临床对于PAPR抑制剂的使用;与此同时针对乳腺癌、卵巢癌、林奇综合征等癌种对于基因大片段重排LGR的准确检出的需求,也做了特殊设计。在融合基因检测方面:涵盖所有指南融合靶点基因,最大程度增加DNA层面的融合检出率,提高患者的获益机会;同时也包括脑胶质瘤、膀胱癌、子宫内膜癌、肉瘤等分子分型相关基因。

实体瘤1021基因突变检测项目可以覆盖肺癌、肠癌、胃癌、胰腺癌、乳腺癌、子宫内膜癌等在内的实体肿瘤对于基因检测及精准治疗的需求。

实验流程

 

交付质量标准

本项目采用杂交捕获的方法,Gene+Seq2000高通量基因测序平台,v1.8.0分析版本 ,对 312 个基因的全部外显子区、38 个基因的内含子、启动子或融合断点区域、709 个基因的编码区域进行目标区域捕获高深度测序。

1、测序原始数据Q30>80%

2、平均有效测序深度大于1000X

3、探针覆盖范围内 0.2 Mean的基因组覆盖度大于 80%

4、平均测序深度>50X的区域要求覆盖整个基因组99%上。

数据分析

标准分析:分析流程主要包括数据过滤、比对和变异检测,在测序数据下机后,我们首先进行测序数据过滤和比对,并对每个环节进行相应的质控,包括测序数据总量、碱基含量和碱基质量分布、测序数据比对率和覆盖深度统计等,然后我们对配对样品进行体细胞变异检测和注释,包括SNVInDelCNV SV

数据交付:原始文件FastQ,分析产出各个样本的去重后BAM文件、gVCF文件及VCF结果文件。

1fastq质控:去除接头污染和低质量数据;

2bam质控:与参考序列进行比对、统计测序深度及覆盖度;

3variant callingSNVInDelCNV SV检测。

高级分析:根据项目/课题具体需求定制化分析,请与平台直接联系。

送样要求

血浆/脑脊液/胸腹水送样建议:

1、使用Streck管进行采集,样本采集20ml,防震防碎密闭包装后,在 6-37℃范围内运输,采集后 5d 内到达检测实验室。

新鲜组织送样建议:

2、将新鲜组织样本浸泡在 5 倍及以上体积 RNAlater(白色管组织保存液)中,防震防碎密闭包装后,常温寄送;不能及时寄出可 4℃暂存不超过一个月。有更长期存储需求的,将组织样本在组织保存液中浸泡超过 10 小时后,转移至-15℃~-20℃冻存(注意不可将组织放入组织保存液之后直接冷冻);

3、手术标本送检量:黄豆样大小,约 60mg

4、穿刺、肠镜等活检样本:送检样本量 1 针或者 1 块,组织块偏小时(如支气管镜取样样本)应适当增加送检样本量;

5、肿瘤细量>20%,坏死细胞含量<10%

石蜡包埋组织送样建议:

110 张(3-4μm 厚,组织面积>25mm²),组织面积较小时(如穿刺、支气管镜、肠镜等活检样本),要适当增加切片量;

2、送检 FFPE 样本制备时间不超过 2 年,最好在半年内;

3、不收取染色切片样本;不收取酸脱钙处理过的 FFPE 样本(如经过酸脱钙处理的骨组织制备的 FFPE 样本);

4、肿瘤细量>20%,坏死细胞含量<10%

EDTA 管外周血送样建议:

1、采集外周血大于 2ml, 以外管壁数字刻度线为准;防震防碎密闭包装后,在小于 37℃温度范围内寄送至实验室如不能及时寄出,建议短期(1 个月内)可存放于-20℃左右冰箱冻存,长期可存放于-80℃左右冰箱冻存。

 

三、病原微生物高通量基因测序服务(mNGS

病原微生物高通量基因检测,基于宏基因组学技术,提取感染标本中全部核酸经过不同的样本前处理,在高通量测序平台MGISEQ-2000上进行测序,通过专用高质量临床数据库PMDB比对和智能化算法分析,获得疑似致病微生物的种属信息,无偏性的检测细菌、真菌、病毒、寄生虫等17500种病原体,显著提高病原诊断阳性率,指导临床靶向使用抗生素,协助感染的精准诊疗

服务内容

整合华大测序公司成熟的服务模式与理念,创建具有华西特色的测序平台,为临床医生和科学家提供最先进的基因组测序技术和基因组数据的生物信息学分析。目前可以提供以下几种服务:

1DNA检测:适用于疑似DNA病原体感染(如细菌、真菌、寄生虫、DNA病毒等,尤其是胞内寄生的细菌(结核分枝杆菌)、细胞壁较厚的真菌(隐球菌)等);

2RNA检测:适用于疑似RNA病毒感染(如流感病毒、呼吸道合胞病毒、冠状病毒等RNA病毒);

4DR共检:病毒感染难以排除、感染性疾病鉴别诊断;

5、病原耐药毒力基因检测;

实验流程

平台研发的测序体系,单次可针对48个样本同时进行文库构建和上机测序









 

mNGS交付数据质量标准

1、测序质量:Q3080%

2、测序读长:SE50

3、样本最低数据量:20M

4、数据库:高临床应用级别数据库(宿主数据库、检测背景库、病原序列库、解读数据库、耐药毒力数据库);

5、耐药毒力基因检测:高数据量高覆盖率(单个样本平均35M数据量,病原检出reads>10000条, 耐药/毒力基因覆盖率达到高饱和度(90%以上),选择了耐药/致病机理明确的抗性基因数据库(CARD数据库)/病原菌毒力因子数据库(VFDB数据库)内的32种代表性耐药基因和281种代表性毒力基因。

 

数据分析

送样要求

标本类型

Plus/DR取样量建议

采集管

储存条件

注意事项

静脉血

成人:3ml以上

幼儿:2ml以上

K管(黄盖推荐)

6-35

采血后立即轻轻颠倒混匀8~9次,避免凝固。混匀时动作不能太剧烈,防止溶血;禁止使用肝素抗凝管(绿盖)采血,会影响检出。

G管(粉盖)

6-25

 

EDTA管(紫盖)

暂存4℃保存,8h内分离血浆

立即轻轻颠倒混匀5~8次,避免凝固;禁止将EDTA管在室温放置;禁止采血管与冰袋直接接触,防止溶血。

血浆

2ml以上

 

冻存管

4℃暂存(24h-20℃暂存(7d

采血后在规定时间内进行血浆分离;吸取上清(即血浆),转入冻存管中,切勿吸入红细胞及白细胞。

脑脊液

无菌干燥洁净冻存管(推荐使用PMseq病原微生物高通量基因检测无菌采集管)

DNA检测流程:-20℃保存1周,禁止反复冻融。

RNA检测流程:仅限-80℃以下保存,禁止反复冻融

为减少污染,建议送检第2管以后的脑脊液

肺泡灌洗液

 

 

弃去前段可能污染的部分,收集其余部分约3ml以上立即送检

痰液

一般以深部痰为好;不能进行深部咳痰的患者,也可考虑通过气管镜获取标本

无菌体液

(脓液、关节液、胸腹水等)

尽可能在抗菌药物使用前采集;严格执行无菌操作;一般收集第2管标本送检。

玻璃体液/房水

100μl以上

 

 

应尽可能采集到足量标本并注意无菌操作

拭子(咽拭子、脓液拭子等)

3支以上

用无菌拭子采集,擦拭多次,尽可能多采集;置入干燥无菌管内直接送检

新鲜组织

3-4针以上

应采集正常组织和坏死组织交接处标本,避免采集完全坏死组织

石蜡组织

 

请尽量送检新鲜的石蜡标本

注意:采集足够的标本量,使用正确的耗材,正确的温度保存及运输

注意事项

1 仅接收人源样本;

2、样本超低温储存,液氮/干冰转运,防止反复冻融;

3、样本无感染性;

4、送样前请提前联系。

补充说明

1、检测费用根据不同检测类型而定,详情见预约系统,现已开通预约送样检测服务;

2、成都市武侯区国学巷37号转化综合楼7A区;

3、联系人:王德年,邮箱:877200840@qq.com;

                   罗开东,电话:13084361277,邮箱:13084361277@163.com;

                   谢琰琪,电话:18280256193,1198375905@qq.com;

4、公共平台网站预约地址:http://kysyshx.wchscu.cn/client/instrument/detail/5683